از اهداف اصلی گروه مهندسی بهداشت محیط مشتمل است بر:

هدف ۱ ): پیشرو بودن در تربیت دانش آموختگان با بالاترین توانمندی های علمی و عملی در:

• ارتقاء سطح بهداشت و حل مشکلات زیست محیطی.

• آموزش بهداشت محیط به جامعه.

• شناخت آلاینده های زیست محیطی، منابع، و بیماریهای مرتبط با آنها.

•  شناخت و بکارگیری وسایل، تجهیزات سنجش و اندازه گیری آلایندهها.

• شناخت و انتخاب فن آوریهای کارآمد در زمینه کنترل آلودگی ها.

• شناسایی عملیات و فرایندهای فیزیکی، شیمیایی و زیستی به منظور بهسازی محیط.

• طراحی سیستم های تصفیه آب، فاضلاب، هوا و روش های دفع پسماند.

• مشارکت در طراحی و بهره برداری سیستم های انتقال و توزیع آب و جمع آوری فاضلاب.

• به کارگیری روش های ارزشیابی، پایش و مدیریت بهداشت محیط و شناخت قوانین، استانداردها و برنامه های کنترل آلودگی.

• تجزیه و تحليل داده ها به منظور استفاده از آنها در طرح های بهداشت محيط.

• همکاری در اجرای طرح های پژوهشی بر اساس نیاز های سلامت.

هدف 2 ): رهبری در پژوهش

• ارتقاء کیفیت و توسعه پژوهش (کلان منطقه ، ملی و بین المللی)

هدف 3 ): تجاری سازی دانش

• ارتقاء بهره وری و تبدیل ظرفیت های بالقوه به بالفعل

هدف 4 ): شایستگی معنوی

• پایبندی به اصول اخلاقی و معنوی

• حفظ کرامت انسان ها